Las descargas que recibe el río Apatlaco generan el 75 por ciento de la contaminación de este afluente, por lo cual los municipios que generan estas descargas deberán instalar plantas de tratamiento e incluso se hablaba de que en el 2012 se vencía el plazo para hacerlo. Al respecto, el director general del organismo de Cuenca Balsas de la Conagua , Juan Carlos Valencia Vargas, refirió que desde el año 2008 la dependencia federal ha venido apoyando la construcción de plantas de tratamiento, sin embargo como Jojutla, Zacatepec y Puente de Ixtla no pagaban derechos a la Comisión Nacional del Agua (Conagua), no eran apoyados para la construcción de este tipo de infraestructura hidráulica.
Sin embargo firmaron un acuerdo para cumplir con esta obligación y podrían ser apoyados para la construcción de plantas de tratamiento y que en este año se pretende poner en funcionamiento diez plantas, las otras cuatro son una en la región norte y tres de la zona sur, que son Jojutla, Zacatepec y Puente de Ixtla, estos últimos por no estar al corriente con sus obligaciones fiscales con Conagua, no obstante ya solicitaron su inclusión en las facilidades que otorga la Ley de Coordinación Fiscal.
Hay un artículo en esa ley que establece que del 2007 para atrás se le condona la deuda en la misma cantidad que van pagando del 2008 para acá, pero en caso de que no paguen (de manera trimestral) se les retiene el pago de sus participaciones federales.
Valencia Vargas explicó que se trata de una retención virtual, porque a través del programa de devolución de derechos, se les devuelve esa cantidad, pero al doble y la federación puede apoyar no sólo la construcción de plantas de tratamiento, sino de colectores del sistema de agua potable en estos tres municipios”
Jojutla ya tiene un avance importante en la construcción de la misma, pero todavía falta el equipamiento que fue comprado fuera del país y que desde hace más de seis meses llegaría a México para poder concluir esta obra, adicional a la problemática de falta de pago a Conagua y algunos problemas con la empresa encargada de este proyecto.