«El ejercicio de su autonomía ha colocado a la UAEM en los más altos estándares de calidad educativa y en el reconocimiento regional y nacional por el desempeño de sus alumnos, docentes e investigadores, a la vez que promovemos con pertinencia social el diálogo de saberes, a través de la extensión, recreación y difusión de las culturas y los servicios a las comunidades del estado. La autonomía nos garantiza la libertad de poder constituirnos como sujetos activos de nuestro propio destino individual y colectivo», expresó el rector Alejandro Vera Jiménez, en la sesión solemne del Consejo Universitario para conmemorar los 47 años de la autonomía de esta casa de estudios.
Vera Jiménez llamó a la comunidad universitaria a tener mayor participación solidaria junto a las comunidades y sus organizaciones, a ejercer plenamente esa autonomía que les ha sido legada y que están obligados a heredar a las futuras generaciones de universitarios, “hoy estamos construyendo una Universidad Socialmente Responsable, comprometida, solidaria y activa, con la gente que más requiere de su apoyo y contribución para transformar las condiciones de desigualdad, marginación y exclusión que obstaculizan e impiden la generación de oportunidades para el desarrollo de sus capacidades, así como su inserción a una vida digna, segura y productiva».
El 5 de septiembre de 1967, Gustavo Díaz Ordaz, entonces presidente de la República, inauguró las instalaciones del edificio 1 del Campus Chamilpa y ahí Abraham Rubio Canales, quien fungía como presidente de la Federación de Estudiantes Universitarios de Morelos (FEUM), le solicitó la autonomía universitaria.
El 22 de noviembre de 1967, el Congreso del Estado de Morelos aprobó la primera Ley Orgánica de la UAEM, la cual fue modificada en 2008 y actualmente rige a la institución.